意大利科学家通过对甜椒和辣椒ldquo

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辣椒是重要的茄科作物，因其对人类饮食的高营养和健康贡献而备受赞赏。在地中海盆地，有利的土壤气候条件促进了多种地方辣椒品种的选育，意大利被认为是辣椒多样性最高区域之一。因此，对“传家宝”（heirlooms；又名地方品种）辣椒遗传资源的调查，对于深入了解这种多样性以及在基因组学辅助育种中的应用至关重要。

最近，意大利蔬菜和观赏植物研究所（CREA）的PasqualeTripodi研究员课题组在BMCGenomicData发表论文：通过对4份甜椒和辣椒传“家宝材”重料测，鉴定到了控制重要农艺和质量性状的候选基因。本研究中，作者利用意大利南部高度分散，但是形状、颜色和营养特性具有典型代表性的2种甜椒（CornodiToro：CDT；Papaccella：PAP）和2种辣椒（Sigaretta：SIG；Ciliegino：CLI）进行全基因组重测序分析。采用20×基因组测序深度，用参考基因组CM，共比对到26亿个reads，覆盖度高达99%，最终构建了4个基因组，最终基因组大小约为3Gb。经过5次重复的变异检测，共鉴定出个SNPs和个InDel。根据地理来源，4个基因组之间存在显著差异，在果重较高的甜椒材料中，9号和11号染色体显示出更高多态性。在已鉴定的变异中，在一个注释为extensin的基因中，甜椒和大果型辣椒之间共享的一个私有indel（T-TA）诱导移码，产生一个新的终止密码子。而在参与果实成熟的关键基因1-氨基环丙烷-1-羧酸氧化酶（ACO）中鉴定出两个辣椒内特有的SNP。对重复序列分析发现长末端重复（LTR）显著扩张，其中大多数属于Gypsy超家族。通过将这4个基因组与公开的包括“CM”和Zunla-1进行比较，鉴定到了了个共享基因家族。研究基因组序列，在丰富辣椒地方品种的全基因组信息，为精确基因定位、标记发现和比较研究提供有价值的参考。同时拓宽了意大利辣椒地方品种选择历史的认识，有助于明确识别当地标志性农产品特性。

4个“传家宝”材料的表型数据

4个“传家宝”材料的表型数据主成分分析.甜椒（CornodiToro：CDT；Papaccella：PAP）和辣椒（Sigaretta：SIG；Ciliegino：CLI）

4个“传家宝”材料SNP在染色体的密度分析

基于蛋白聚类分析

4个“传家宝”材料基因组遗传多样性分析

4个“传家宝”材料杂合SNP分析

高分辨率溶解曲线分析extensin基因移码多态性